1. Introducción
Objetivo general
Contexto y motivación
Objetivo detallado - desarrollo propuesto
Resultados esperados
1.1 Definiciones
Conceptos de medicina y biología molecular
Cáncer
Biomarcador
Biomarcador pronóstico
Estudios ómicos
Genómica
Transcriptómica
Proteómica
Dimensiones de Datos en Multiomix
Transcriptoma
miRNA
CNA (Alteraciones Cromosómicas Numéricas)
Metilación
Pathways
Bio Api
2. Marco de trabajo
Stack de tecnología
Base de datos
Lenguaje y framework de desarrollo
Despliegue
Proceso de desarrollo
Weeklies
Organización de tareas
Colaboracion bioinformaticos y genetistas
3. Descripción general de Gene Ontology (GO)
Conceptos básicos de gene ontology
Ontología
Función biológica
Función molecular
Componente celular
Proceso biológico
Base de conocimientos de Gene ontology
Recursos primarios de Gene ontology 21
Motivación
3.1 Integración de ontología GO a BioAPI
GO slims
Formato OBO
Estructura
Relaciones jerárquicas
Relaciones no jerárquicas
Importación
Actualización
Schema
Endpoint
Motivación
Definición
Algoritmos
BFS jerárquica hacia la raíz
BFS jerárquica a hijos
BFS no jerárquica
Merging de los resultados de los recorridos
Request
Respuesta
Respuesta exitosa
Cómo representar el subgrafo
Ejemplo
Respuesta con error
Optimizaciones
Índices
Métricas
3.2 Integración anotaciones GO
Formato GAF
Homo sapiens
Importación
Actualización
Normalización de alias de genes
Logs
Schema
Endpoint
Motivación
Unión
Intersection
Algoritmos
Request
Respuesta
Respuesta exitosa
Ejemplo
Respuesta con error
Optimizaciones
Índices
Métricas
Problemas
Problemas de función de alias
Problema encontrado en los logs
Problema de evidencia en bd
3.3 Integración de librerías para Gene Enrichment
Cómo funciona
Motivación
Conceptos estadisticos
P-value (valor p)
Correction method (método de corrección)
Librería GOATOOLS
Estructura de datos diferentes
Falta de documentación
Gprofiler
Librería en R y su wrapper para python
Anotaciones extra
Solución
Búsqueda de anotaciones locales
Endpoint
Request
Respuesta
Respuesta exitosa
Ejemplo
Respuesta con error
Optimizaciones
4. Integración de PharmGKB
Estructura
Importación
Actualización
Schema
Endpoint
Request
Respuesta
Respuesta exitosa
Ejemplo
Respuesta con error
Optimizaciones
Métricas
Índices
Problemas
5. Integración de STRING
Archivos
Importación
Actualización
Problemas
Reducción de Ceros Redundantes
Redundancia de Relaciones Bidireccionales
Estructura de base de datos en mongodb
Endpoint
Request
Respuesta
Respuesta exitosa
Ejemplo
Respuesta con error
6. Integración de Drugbank
Motivación
Licencias
Licencia académica
Alternativas
Scraping
Crear el proceso de importación y el endpoint vacíos
Generar un link a drugbank
Endpoint
Request
Respuesta
Respuesta exitosa
Ejemplo
7. Conclusiones
Trabajos futuros
Publicación de paper
Integración a multiomix
Próximas versiones
Bibliografía