Cliente para plataforma de búsqueda de biomarcadores con valor pronóstico/predictivo de cáncer

Título:

Cliente para plataforma de búsqueda de biomarcadores con valor pronóstico/predictivo de cáncer

Autor:

Martínez, Diego Ariel

Otros autores / Colaboradores:

 Pons, Claudia Fabiana; [ Director/a]  Butti, Matías Daniel; [ Asesor/a profesional] 

Temas:

CIENCIAS MÉDICAS Y DE LA VIDA; 

Nota de tesis:

Tesina (Licenciatura en Sistemas) - Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Informática, 2016.

Extensión:

108 p.  : il. + 1 DVD

Resumen:

El objetivo de esta tesina es el diseño y desarrollo de una aplicación cliente extensible, portable, de fácil distribución en el marco de una plataforma, cuyo origen se remite a la tesis 'Metodología analítica e integradora para la generación de biomarcadores de pacientes con cáncer de mama sobre la base de perfiles de expresión génica' de maestría en Explotación de datos y descubrimiento de conocimiento de Matías Butti. En dicho trabajo se presenta una plataforma, denominada Bioplat, para la identificación, validación y optimización de biomarcadores en cáncer. La plataforma Bioplat está compuesta de varios componentes y una de los principales es el cliente desarrollado en este trabajo, en el cual se describe la integración del mismo con el resto de la plataforma, tanto desde el punto de vista funcional y de sus requerimientos, como desde lo técnico. Además, se presentan las soluciones de software propuestas a la estructura de la plataforma que permitan fácilmente, que ésta sea extensible por el equipo de desarrollo Bioplat, por desarrolladores que deseen enriquecer la plataforma con ideas y/o desarrollos propios compartidos luego con la comunidad Bioplat o por usuarios finales.

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1. Introducción  
 1.1. Antecedentes
 1.2. Conceptos de biología molecular 
   1.2.1. Genes 
   1.2.2. Genoma
   1.2.3. Transcriptoma 
   1.2.4. Mutación genética 
   1.2.5. Genómica 
   1.2.6. Oncogenómica 
 1.3. Contexto de la investigación original 
 1.4. Motivaciones y objetivos 

2. Marco de trabajo 
 2.1. Arquitectura general del sistema 
 2.2. Modelo de la plataforma 
 2.3. Dinámica del proceso de desarrollo 

3. Resultados 
 3.1. La Plataforma desde el cliente
   3.1.1. Introducción 
   3.1.2. Gene Signatures
     3.1.2.1. Definición 
     3.1.2.2. Visualización 
     3.1.2.3. Operaciones básicas 
     3.1.2.4. Herramientas para generar/importar gene signatures 
   3.1.3. Experimentos Bioplat 
     3.1.3.1. Definición 
     3.1.3.2. Visualización 
     3.1.3.3. Operaciones básicas 
     3.1.3.4. Herramientas para generar/importar experimentos Bioplat
    3.1.4. Validación estadística de gene signatures
    3.1.5. Optimización de gene signatures  
    3.1.6. Vista de genes  
  3.2. Solución tecnológica 
    3.2.1. Revisión de la arquitectura general de la plataforma 
    3.2.2. Servidor R como servicio  
    3.2.3. Revisión del modelo de la plataforma  
    3.2.4. Cliente Bioplat
      3.2.4.1. Tecnologías básicas
      3.2.4.2. ¿Por qué una aplicación de escritorio? 
      3.2.4.3. Arquitectura de una Aplicación Eclipse RCP  
      3.2.4.4. Toolkit UI 
      3.2.4.5. Framework de desarrollo  
  3.3. Publicaciones y subsidios 

4. Trabajos futuros 
  4.1. Futuro del cliente
  4.2. Futuro integral de la plataforma

5. Conclusiones  

Bibliografía  
Listas de referencias  
Apéndice A: Glosario 
Apéndice B: Paper publicado en Bioinfomatics